Структурных подразделений нет.

Управление образовательным учреждением осуществляет Управляющий Совет школы (председатель – Ахиярова Евгения Александровна, родитель обучающихся 3а, 10а класса), в составе которого – представители педагогического коллектива (2/3 от общего числа членов Управляющего Совета), представители родителей обучающихся, старшеклассники. Деятельностью Управляющего Совета школы руководит председатель Управляющего Совета.

В школе функционируют общешкольный родительский комитет (председатель – Бирюк Наталья Викторовна, родитель обучающегося 11а класса) и родительские комитеты классов.

В управление школой включён орган ученического самоуправления – Совет старшеклассников (председатель – Покаместов Александр, обучающийся 11в класса) школьной детско-юношеской организации ФДЗМ. Непосредственное руководство школой осуществляет директор, назначенный учредителем.

Раздел «Управление школой» в Уставе МБОУ «СОШ №31» (ссылка).